1997 startade de tre kommunerna Botkyrka, Huddinge och Södertälje en gemensam FoU-enhet, FoU-Södertörn. Inriktningen var socialtjänstens individ- och familjeomsorg.

2007 utökades antalet delägare med Haninge, Nynäshamn, och Värmdö. Ett samarbete med Nacka och Salem påbörjades genom delavtal. Samma år vidgades inriktningen till funk- tionshinderområdet.

2008 tillkom Tyresö.

2009 kom BBIC in i verksamheten med en samordnare som ansvarar för utbildning.

2012 började en utvecklingsledare med ansvar för utveckling och utbildning inom området familjehem.

2013 till  2017 var Gotland en av ägarkommunerna.

2014 flyttade FoU från Tullinge till Doktorsvillan i Tumba.

2017 FoU Södertörn ägs av nio kommuner.

Under årens lopp har många anställda inom ägarkommunerna under en period bedrivit studier av sitt arbete med handledning av FoU Södertörns anställda. Några av dem har återkommit och gjort mer omfattande studier.